Минфин России считает, что допущенную плательщиком НДС ошибку в платежном поручении на перечисление налога (в качестве получателя указан не тот налоговый орган) может устранить сам налоговый орган, уточнив платеж в соответствии с пунктом 7 статьи 45 НК РФ (письмо Минфина России от 10.02.2009 № 03-02-07/1-57).

Ошибка в указании налогового органа в платежном поручении на перечисление в бюджет суммы НДС не влечет неперечисление налога в бюджетную систему РФ на соответствующий счет Федерального казначейства.

Следовательно, для уточнения платежа следует руководствоваться пунктом 7 статьи 45 НК РФ, которым установлен следующий порядок. Налогоплательщик, обнаруживший в своей платежке ошибку, должен подать в ИФНС по месту учета заявление о допущенной ошибке с приложением документов, подтверждающих уплату указанного налога и его перечисление в бюджетную систему РФ на соответствующий счет Федерального казначейства, с просьбой уточнить наименование получателя платежа.

По предложению налогового органа или самого налогоплательщика может быть (но не обязательно) проведена совместная сверка уплаченных налогоплательщиком налогов. На основании заявления и акта сверки (а если сверка не производилась, то и без такого акта) ИФНС вправе принять решение об уточнении платежа на день фактической уплаты НДС, и пересчитать пени по налогу, начисленные за период со дня фактической уплаты НДС до дня принятия решения об уточнении платежа.